纪容的操作则在一个几乎全封闭的球形座舱里进行，她的手上要装上装着精度超高的动态感知元件的操作手套，头上带着全息造像头盔。她的全部操作都是用自己的手，拿着虚拟的手术工具对着三维模拟图来进行的，她的所有动作都会被忠实传递到专用的，从房间顶上悬挂下来的超高精度机械手上，用完全没有无效振动的动作来对小玛丽进行手术。
整套东西配合起来的定位精度能够达到千分之一毫米，能够完成目前世界上所有登记在册的手术项目。不放上病人的时候，医生也可以在操作室里进行无数种手术的模拟训练。唯一的缺点，就是对于操作者的要求非常高，这种操作是不能配备助手的，除了要时刻注意手术区域的情况外，其他的各种数据都要随时自己查询，虽然数字图腾有完善的声控技术，对于操作者还是比较苛刻的。为了让操作者能比较放松，那个密封的操作室里还有音质绝佳的监听耳机，让操作者挑选自己喜欢的音乐来放松神经。如果还要找个缺点的话，那就是，这套东西的价格太贵了，整套东西的成本不会低于7亿美金。
纪容心里默默回想着已然模拟过无数次的手术过程，踏进了操作舱，带上了头盔，在一侧的cd槽里插入自己最喜欢的钢琴曲，当音乐响起的时候，她按动了启动开关，整个手术开始了。
手术分成3个部分，首先是组织整理，将小玛丽后脑受创部位的组织进行进一步的修补和整理，并尽量在不损害组织的前提下为第二步的操作流出空间。
然后是将预制的硅芯片放入小玛丽的大脑，并和周围的神经系统进行连结。由于小玛丽大脑受损比较严重，单纯进行组织整理已经无法取得完善的效果，而数字计算理论的发展似乎也无法解决全部问题，只能依靠数字计算理论结合植入芯片来克尽全工。由于数字图腾对于芯片设计和对于人类的思考机制的研究基础都异常扎实，两片植入的芯片不会有大的副作用，可以至少在大脑内工作5年到10年。
再之后则是在大脑的一个部位进行激光扫描，将这一块在任何普通人类都属于未开发区域的脑组织排列组合成一个功能强劲的生物芯片。并和相关的大脑区域进行连接。同时，这部分组织还具有一定的和硅芯片重叠的功能，可以保证即使硅芯片出了问题，也诅咒维持小玛丽的大脑运转。
最后，就是进一步的组织整理和收尾，缝合工作了。
整个手术预计持续的时间长达48小时。
这样一个手术，凝结着整个数字图腾最优秀的技术团队无法计算的努力。至于前后投入的资金反而是小事。吕振羽早就宣布过，资金不是本次研究需要考虑的问题，反正一旦中印开打，不愁没订单没利润。虽然这番话让那些军方和情报部门的人极其郁闷，但对于所有研究人员来说，则是最美妙不过了。也正是因为大家不计工本的全情投入，才让小玛丽能够有这样的机会，来接受这次史无前例的手术。
手术开始5个多小时后，精力消耗已经超标的纪容就吩咐自己的学生给她挂上了葡萄糖，准备了意式浓缩咖啡，在第一阶段完成前，她可是没有时间休息的。
对于实验室里的大多数人，他们至少参与了一部分的研究，试验的说明拿在手里，看着电脑屏幕上的三维图像和纪容的操作，多少也明白些。而对于那些凑热闹来观看手术的人来说，则不知所云。而对于有些人来说，看手术则是一种煎熬。
玛丽安在手术开始不久之后就从观察室走开了。这个时候，整个大楼显得安静得有些让人毛骨悚然。玛丽安悄悄跑进角落里一个没有窗户，狭小逼仄得如同单人牢房的休息室，她没有开灯，只是将灰黑色的毛毯披在身上，坐在床上抱着膝盖蜷成一团，仿佛只有这样才能抵御来自四面八方的寒冷。她的心里有莫名的恐惧，手术台上的小玛丽可以说是因为她而走到了今天的境地，生死一线。今天的手术，没有任何人提到关于成功率的问题，没有先例可以参考，而谁都知道危险性是超级高的。玛丽安一面自责，一边怜悯着手术台上的小玛丽，却又不自禁要把自己和小玛丽的处境联系在一起，小玛丽和她，本来就是一而二，二而一的，她一直以来过的，就是小玛丽的生活啊。
玛丽安枯坐了几个小时，随后，一个身影出现在了房间门口，打开了房门，走了进来，坐在玛丽安身边。那正是吕璇。吕璇同样忍受不了看着自己熟悉的人躺在手术台上，而手术结束似乎还遥遥无期。他也同样担心玛丽安。
吕璇搂住玛丽安的肩膀，稍稍紧了紧，这是他能想到的最能给人安全感的动作了，他轻声说：“无论如何，手术结束以后，你也该有自己的生活了。”
玛丽安并没有觉得被冒犯什么的。一直以来，吕璇都是非常平和地对待她，虽然开始地时候有些埋怨，但逐渐变成了对她的同情和关注。当小玛丽这个将他们两个人牵扯到一起的人躺在手术台上的时候，他们都是需要安慰的人。
玛丽安