芳缘地区，古辰镇，古辰镇是以古代遗迹闻名的小镇，建有神奇宝贝中心，友好商店，考古学博士梅兹的研究所也建立在古辰镇，这里有许多研究员和学者会来实地学习和考察，是喜爱冒险的训练家探险的好去处。
当然，这是说的以后，为什么会知道那么多，那是因为叶辉是一名穿越者，从地球灵魂穿越到神奇宝贝的世界，穿越到一个和自己名字只有一字之差的小孩林叶辉身上。现在，古辰镇只是一个较大的村子，因为古代遗迹传闻吸引了许多学者到来，被列为重点发展的村庄。叶辉是个孤儿，幸运的是，再过半年就到十岁，注册训练家的费用父亲早已经交过，到了年龄就可以成为训练师，j-i,ng灵饲育费已经交完，现在只差最后的领取费，这就看家中留下的钱够不够了。
半年后，在神奇宝贝接待大厅内，叶辉正在办理联盟训练家id卡。在这个世界已经生活了半年，发现j-i,ng灵世界和动漫还是有区别的，动漫显示的只是一部分。
叶辉穿越过来时，这具身体已经没了生命反应，根据身体遗留的记忆，叶辉得知：林叶辉从小和父亲一起生活，没有关于母亲的印象，父亲是德文公司研究部的中级研究员，听闻古辰村有古代遗迹的消息前来考察，好像是有了重大发现。决定在古辰村落户继续研究，一次出去考察，就再没回过家。留守在家的林叶辉发现父亲长时间没回来，冒险出去寻找，被野生j-i,ng灵袭击，然后被路过的新手训练家救了，送到古辰村的神奇宝贝中心，林叶辉没撑过去醒来的就是地球的叶辉。
刚穿越过来的叶辉脑子里一片混乱，融合记忆后，发现自己到了神奇宝贝的世界。
神奇宝贝的世界不像动漫中那样，十万伏特怎么都电不死，能承受多大力度的攻击靠的是自身的抗性。不是每个人都能有j-i,ng灵图鉴的，图鉴只会发放给联盟的嫡系人员、j-i,ng灵博士认可的训练家、和联盟世家的人等等，其他人是没有的。j-i,ng灵对战也不像游戏一样只有4招的打。
在这半年中，叶辉观察到j-i,ng灵世界与地球不同的就是，十岁相当于成年，只要到十岁就可以获得拥有神奇宝贝的资格，外出旅行，成为神奇宝贝训练家，或协调家等，从事与神奇宝贝有关的职业。当然，这个资格不是每个人都能获得的，需要有一个富裕的家庭，交的起联盟的培育费，才能得到挑选御三家的权利。想要得到j-i,ng灵，一部分人是父母花钱购买一个j-i,ng灵作为孩子的初始j-i,ng灵，一部分人会冒着生命危险去森林偷神奇宝贝的蛋或不通过战斗用j-i,ng灵球靠几率收复比较温顺的j-i,ng灵慢慢培养感情。
成为训练家和领取御三家不同。成为训练家要向j-i,ng灵联盟交注册费，注册后可以合法拥有小j-i,ng灵，得到身份卡，可以自己买一只j-i,ng灵饲养，但大多数人都是先获得j-i,ng灵，靠对战，采集等等私人委托。努力赚钱，在办理证明。有了身份卡，就能在饲育屋存放小j-i,ng灵，使用j-i,ng灵中心治疗，接取联盟任务，参加j-i,ng灵大赛等使用公用设施，当然这些是收费的。没有身份卡却拥有j-i,ng灵的人被视为黑户，如果遇到事件，会被君莎小姐逮捕问询，属于重点嫌疑对象。
j-i,ng灵世界多数都是使用身份卡。其次就是叶辉所有的联盟id卡，这种id卡，是像j-i,ng灵研究员，学者或者是j-i,ng灵老师，联盟公务员等人员申请，被批复后，可以获得领取联盟御三家的资格，领取御三家需要交十年的饲养费，和最后的领取费。同时具有资产同步，信息查询，新手优惠的待遇，比身份卡有优先权待遇更好。有钱人可以向获得资格的人购买，也可以交上10倍以上的钱或其它特殊道具等向联盟换取神奇宝贝图鉴的资格。图鉴就是历代主角所有的新手装备，可以证明身份，现场查询j-i,ng灵资料，查询收服后j-i,ng灵会的招式。和免费使用大多数联盟设备等待遇优厚。而id卡只有成为训练师的第一年可以享有这些待遇，但是j-i,ng灵知识就要从学校学习，或查询联盟官网等知识网站。对j-i,ng灵的了解全靠自己。
等待一段时间后，乔伊小姐说：“已经记录完成了，林叶辉，10岁，注册id：1180609139，请拿好id卡，丢失后要第一时间到附近的神奇宝贝中心挂失。”叶辉道谢后接过id卡，接着去了二楼，到达登记处，这里比较冷清，有一名工作人员问道：“你好，请问要办理什么业务？”叶辉递过id卡，说：“交费和领取初学者神奇宝贝。”并把所有的钱都交给工作人员。工作人员扫描了id卡在电脑上做了登记，说：“交费成功，剩余资产已转移到id卡上，存取记录都可以查询明细，j-i,ng灵领取请在3个月后的1号来神奇宝贝中心找乔伊小姐。”叶辉听到交费成功，松了口气，收好id卡，记好时间后回到了家。
叶辉的家在神奇宝贝中心周边，在联盟的势力范围内还是比较安全的。回到家后，把门锁好。集中注意力，眼前出现只有叶辉能看见的虚拟屏幕，上面分为探查，j-i,ng灵，背包，任务，抽奖，商店，度假地，训练场共8项，除了任务框和背包是正常的，其它都是灰色的，无法查看。这就是叶辉穿越后思考怎么过日子时发现的金手指系统版面。
进入任务版面，上面有一个任务：成为训练家（